Wenn du dir einen Unfaller holst dann baust du ALLES um, dann hast brauchst du dir keine Gedanken machen was noch zu wechseln ist.
Allerdings sind gebrauchte 2.5 TDIs schon so günstig zu bekommen, kauf dir so einen und überhol dann den Motor (was beim 2.5 TDI eh früher oder später fällig ist) wenn du unbedingt was basteln magst. Dann hast du wahrscheinlich sogar Allrad und die erwähnte höhere Ausstattung.
Und am STG musst du nichts machen wenn du ALLES tauscht. Also eben Kabelbäume (auch Innenraum zB), STGs, Tacho, etc.
Aber nochmal: einen noch fahrfähigen V6 TDI gibt es schon für unter 2000€, da hol ich mir nicht einen Unfaller sondern restauriere den "neuen" 2.5 TDI.
Und falls du tatsächlich die volle Ausstattungsliste in deinem jetzigen Wagen hast dann baust du diese in den neuen um. Es ist deutlich schneller und leichter die Ausstattung zu tauschen als den Motor (zumindest deinen gewünschten Motor, beim AVF/AWX müsstest du zB keine Kabelbäume tauschen sondern lediglich paar Sachen umpinnen - dieser Umbau ist auch oft dokumentiert und durchgeführt worden).